De geschiedenis van de Oostvaarderplassen gaat 'slechts' terug tot 1968, toen grote plassen water bleven staan in het laagste deel van de nieuw aangelegde Flevopolder. Er zou een industriegebied komen. Daar was niet direct behoefte aan. De natuur greep haar kans en ontwikkelde zich tot een afwisselend moerasgebied met plassen, rietvelden, wilgenbossen en een grote aantrekkingskracht op verschillende soorten moeras- en watervogels.
De Oostvaardersplassen kreeg zijn huidige begrenzing toen in 1982 de spoorlijn tussen Almere en Lelystad met een bocht om het moeras werd gelegd. Om het gebied niet te laten verdrogen, is rond 1975 een kade om het moeras aangelegd. Het omringende gebied werd daar later aan toegevoegd, ten dienste van vele vogels. Daardoor ontstond de huidige tweedeling tussen het moeras en het droge deel. De Rijksdienst voor de IJsselmeerpolders (RIJP) was de beheerder. In 1996 is het beheer overgedragen aan Staatsbosbeheer.
In 2018 werd Oostvaardersplassen onderdeel van Nationaal Park Nieuw Land.
De grootste menselijke ingreep in het gebied was de introductie van grote grazers. In de jaren ’80 en ‘90 bracht de voormalige Rijksdienst IJsselmeerpolders Heckrunderen, konikpaarden en edelherten naar het gebied. De hoefdieren helpen bij wat de ganzen niet alleen kunnen: het landschap openhouden. Elk met hun eigen voedingspatroon en graasgedrag. Zo blijft het gebied aantrekkelijk voor ganzen en andere water- en moerasvogels.
De Oostvaardersplassen is in 1989 aangewezen als Wetland onder het Verdrag van Ramsar. En sinds januari 2010 is het een Natura 2000-gebied. Natura 2000 omschrijft doelen voor instandhouding voor ieder aangesloten gebied.
Hiervoor is in 2024 een nieuw beheerplan opgesteld voor een periode van 6 jaar. Dit plan geeft richting aan de beheermaatregelen die we moeten nemen om het gebied in goede staat te houden voor de gekwalificeerde vogels. Het gaat daarbij om maatregelen als een moerasreset en de aanleg van vispassages.
In 2018 heeft de provincie Flevoland een nieuw beleidsplan opgesteld voor de Oostvaardersplassen. Uitgangspunt daarbij is dat het gebied een afwisselend moerasgebied van internationale betekenis voor broed- en trekvogels is, waar de bezoeker volop van de natuur kan genieten.
De Raad van Europa kent diploma's toe voor excellent natuurbeheer. Zo'n onderscheiding wordt toegekend aan gebieden van Europees belang. Staatsbosbeheer ontving voor de Oostvaardersplassen dit diploma voor het eerst in 1999. In 2019 is het diploma opnieuw toegekend voor een periode van 10 jaar.
