In 1923 werd hoofdgebouw A als lange golfzender in gebruik genomen. Al snel daarna werd overgestapt op het zenden via de korte golf. Eerst vanuit het nabije gebouw B en vanaf 1929 vanuit de gebouwen C, D en E. Op 7 januari 1929 stelde koningin-moeder Emma de radiotelefoonverbinding met Nederlands-Indië officieel in gebruik. Dat gebeurde met de legendarische woorden: "Hallo Bandoeng, hallo Bandoeng hoort u mij?"
Radio-uitzendingen
De voortschrijdende techniek maakte het mogelijk dat er vanaf 1933 ook uitzendingen kwamen naar Suriname, Curaçao, Noord- en Zuid-Amerika, Japan en de belangrijkste Europese landen. Vanaf 1935 kwamen ook radio-uitzendingen van de omroepverenigingen vanuit Radio Kootwijk. Tijdens de Tweede Wereldoorlog gebruikten de bezetters het station voor spionage. Na de oorlog behield Radio Kootwijk een belangrijke functie als transmissiestation voor de telefonie met de scheepvaart (Radio Scheveningen), voor het luchtvaartverkeer en voor de Nederlandse radioastronomie.
Uit de lucht
De uitbreiding van zendapparatuur ging door tot de opkomst van satellietzenders in de jaren zeventig. Van 1974 tot 1998 werd Radio Kootwijk alleen nog gebruikt voor lucht- en scheepvaartverkeer. Op 31 december 1998 ging Radio Kootwijk definitief uit de lucht. In 2000 werd alle apparatuur verwijderd. In 2009 is het voormalig zendstation Radio Kootwijk overgedragen aan Staatsbosbeheer. In de komende jaren wordt hard gewerkt aan de restauratie van de verschillende monumentale gebouwen en het ontwikkelen van activiteiten die recht doen aan de kernwaarden van het gebied: rust, ruimte en duisternis.