Industriegebied
De geschiedenis van Oostvaarderplassen gaat 'slechts' terug tot 1968, toen er hier grote plassen water bleven staan in de nieuw aangelegde Flevopolder. Dat was niet de bedoeling, het plan was om hier een industriegebied aan te leggen. Daar was echter nog niet direct behoefte aan, en het gebied werd met rust gelaten. Niemand kon toen voorzien dat hier zich zo snel moerasgebied zou ontwikkelen.
Grauwe gans
De natuur begon zich vanzelf te ontwikkelen op de vruchtbare kleibodem. Moerasandijvie en lisdodde kwamen tot bloei. Ook streken er direct allerlei vogels neer. Vooral de grauwe ganzen wisten het gebied te vinden. Zij konden hier in alle rust ruien. Tegelijkertijd graasden zij het riet af, waardoor het gebied niet volledig dichtgroeide. Er ontstond daardoor een afwisselend gebied, dat op zijn beurt ruimte bood aan weer andere planten en dieren. De natuurlijke dynamiek was in gang gezet.
Wetland
Ook heel zeldzame vogels, zoals roerdompen en baardmannetjes vonden er een plek. Het gebied kreeg internationaal aanzien als waardevol 'wetland'. Om het gebied niet alsnog te laten verdrogen is rond 1975 een kade om het natte gedeelte aangelegd. Daardoor ontstond de huidige tweedeling tussen het natte en het droge deel van het gebied. Het droge deel klonk steeds verder in, en kwam daarmee lager te liggen dan het moeras. De Oostvaardersplassen kregen hun huidige begrenzing toen in 1982 werd besloten de spoorlijn tussen Almere en Lelystad met een bocht om het gebied te leggen.
Andere grazers
In 1983 is een groep van 35 heckrunderen en in 1984 27 konikpaarden in het gebied gebracht. In 1992 volgden 54 edelherten. Zij gingen de ganzen helpen het gebied open te houden door begrazing. Ieder speelt een eigen rol. Paarden en runderen houden gras kort, terwijl de edelherten vooral de struiken eten.
Omvang en rust
In 1986 zijn de Oostvaardersplassen aangewezen als Staatsnatuurmonument. Bij die gelegenheid werd benadrukt dat het belangrijk was om de omvang en de rust van het gebied te behouden zodat een voedselrijk moerasecosysteem tot ontwikkeling kon komen voor watervogels.
Waterpeil
De eerste twintig jaar werd het waterpeil het jaar rond op één niveau gehouden om dreigende verlanding tegen te gaan en een goede habitat te creëren voor verschillende belangrijke vogelgroepen. Maar wat goed was voor de één, pakte slecht uit voor de ander. Het bleek onmogelijk het alle soorten naar de zin te maken. Natuurlijke processen, met wisselende waterstanden door neerslag en verdamping bleken essentieel te zijn voor de ontwikkeling van een soortenrijk landschap in de Oostvaardersplassen.
Daarom wordt het peilverloop van het water nu niet meer bijgestuurd. Neerslag en verdamping zorgen voor natte en droge omstandigheden. Teveel aan water loopt, zoals bij veel natuurlijke moerasgebieden, over een drempel het gebied uit, door het Wilgenbos in de Lage vaart aan de westzijde van het gebied. Actief beheer is alleen aan de orde als de natuurlijke processen worden gefrustreerd door onnatuurlijke oorzaken van buitenaf of beperkingen in het gebied.
Beheer
De Rijksdienst voor de IJsselmeerpolders beheerde het gebied. In 1996 is het beheer overgedragen aan Staatsbosbeheer.