Een Europese richtlijn, zoals de Habitatrichtlijn en de Vogelrichtlijn, formuleert alleen een doel. Europese landen moeten deze richtlijnen inbouwen in hun nationale wetgeving. In Nederland zijn deze bepalingen sinds 2005 opgenomen in de Natuurbeschermingswet en de Flora- en faunawet.

De regelingen over de Natura 2000-gebieden zijn opgenomen in de Natuurbeschermingswet. De Flora- en faunawet bevat de bepalingen over de bescherming van dier- en plantensoorten die in het wild leven, of die beschermd zijn. Het ministerie van Economische Zaken, Landbouw & Innovatie (EL&I). is verantwoordelijk voor Natura 2000.

Financiering

Op Europees niveau zijn er verschillende fondsen beschikbaar voor Natura 2000. Eén van de belangrijkste daarvan is het Financieringsinstrument voor het Leefmilieu (LIFE+).

Verder zijn er nationale fondsen voor het beheer of de inrichting van Natura 2000-gebieden. De belangrijkste daarvan zijn: Het Programma Beheer, onderverdeeld in de Subsidieregeling Agrarisch Natuurbeheer (SAN), Subsidieregeling Natuurbeheer (SN), Investeringsbudget Landelijk Gebied (ILG) en de structuurfondsen.

Ook op regionaal niveau kunnen allerlei partijen participeren, zoals provincies, gemeenten, water- en recreatieschappen. Maar ook particuliere of private partijen kunnen bijdragen, bijvoorbeeld grondeigenaren of organisaties op het gebied van natuureducatie.